多肽类保健食品只需置于阴凉干燥处即可。

对于多肽试剂和多肽类药物则需要保存在干燥器中。在将它们暴露于空气之前， 冷冻干燥多肽可以放于室温。这将是湿度影响减少，当无法冷冻干燥时，最好的方法是以小的工作样量存放。对于含Cys, Met或者TrP的多肽试剂，脱氧缓冲剂对其溶解必不可少，因为这种多肽试剂易被空气氧化，在封瓶前，慢慢流过多肽试剂的氮气或氩气也会降低氧化作用。含Gln或Asn的多肽试剂也容易降解，所有这些肽与不含这些有问题解苷的那些肽相比，生命期有限。

多肽具广泛的溶解性。多肽不溶的主要问题是形成二级结构。除了最太肽外，这点都会发生， 在有多重疏水残基的肽中更显著。盐会促进二级结构形成。我们建议先在无菌蒸馏水或去离子中溶解多肽。如需要增加溶解率， 可用超声处理。溶解仍有问题， 加少量稀乙酸（10%）或氨水，会便于溶解。

要长期保存多肽试剂， 最好冷冻干燥，冷干粉可在-20℃或更低存放几年而很少或无降解。溶液中的多肽远不稳定。 多肽易受细菌降解，应用无菌纯化水溶解。

含有Met，Cys或Tyr残基的多肽溶液由于氧化，寿命有限。应溶于无氧溶剂， 为防止重复冻融的破坏， 建议溶解过量的肽的便实验，其余多肽以固体形成保存。