大多数肽的首选溶剂是超纯抽气水。稀乙酸或氨水分别对于碱性或酸性多肽的溶解很重要。这些方法不溶的多肽， 需要DMF、脲、guanidiniam chloride或acetonitrnle来溶解，这些溶剂可能某些实验有副作用。所以我们建议设计多肽时要加注意。

残基Ala, Cys , Ile, Leu, Met, Phe和Val将全增加多肽的溶解难度。